Wenn eine Pfarrerin oder ein Pfarrer meint, durch eine Entscheidung der vorgesetzten Stellen (Dekan, Regionalbischof, Landeskirchenstelle, Landeskirchenamt, Landeskirchenrat) in seinen/ihren Rechten verletzt zu sein, so kann er/sie den Pfarrerausschuss anrufen. Der Pfarrer bzw. die Pfarrerin kann den Pfarrerauschuss auch schon dann anrufen, wenn er/sie begründeten Anlass dafür hat, dass eine Maßnahme des/der Vorgesetzen, der Landeskirchenstelle, des Landeskirchenamtes oder des Landeskirchenrates alsbald gegen ihn/sie erlassen wird (vgl. §§ 8 – 10 PfVG – RS 598).
Gegen Entscheidungen des Landeskirchenrates, die die dienstrechtliche Stellung von Pfarrern oder Pfarrerinnen betreffen, kann man Widerspruch einlegen. Gegen einen belastenden Widerspruchsbescheid – oder wenn über den Widerspruch nicht innerhalb einer angemessenen Zeit entschieden wurde (in der Regel drei Monate) – kann man klagen. Zuständig ist das Verwaltungsgericht der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Bayern. Die Widerspruchs- und Klagefrist beträgt jeweils einen Monat. Näheres findet sich in der – gesetzlich vorgeschriebenen – Rechtsmittelbelehrung. Fehlt eine Rechtsmittelbelehrung oder ist die Zustellung nicht ordnungsgemäß, beträgt die Rechtsmittelfrist ein Jahr ab Bekanntgabe.
Vermögensrechtliche Fragen (Gehalt, Pension) können Pfarrerinnen und Pfarrer vor den staatlichen Verwaltungsgerichten (zuständig ist das Verwaltungsgericht in der jeweiligen Regierungsbezirkshauptstadt) klären. Auch hier muss ein Widerspruchsverfahren vor dem Landeskirchenrat vorangehen.
Der Pfarrer- und Pfarrerinnenverein in der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Bayern e.V. gewährt seinen Mitgliedern Rechtsschutz in Disziplinarverfahren.